حظي قسم جراحة القولون باهتمام كبير منذ افتتاح مستشفى الأردن لأهميته في المجتمع وتحسين صحة مرضانا، هو القسم المخصص لأمراض القولون وإدارتها طبيا وجراحياً. تؤثر العديد من الأمراض على القولون والشرج : من الأمراض الحميدة إلى الخبيثة. يقدم القسم أحدث العلاجات، بما في ذلك التداخلات بالليزر للنواسير الشرجية والبواسير، واقتطاع واستئصال الأمعاء بالتنظير، والإجراءات التنظيرية الدقيقة لهذه الأعضاء. 

يعد سرطان القولون من أكثر أنواع السرطانات شيوعًا، لذلك فأن التفاني التشخيص المبكر والإدارة المناسبة أمران حاسمان في علاجه.  

كما يدير فريق متعدد التخصصات هذه الحالات لتسهيل خطة العلاج وفقًا للإرشادات والمعايير الدولية ومواكبة التطورات السريعة في عالم الطب لضمان حصول مرضانا على أفضل علاج. و يعمل مستشارونا الخبراء عن كثب مع استشاريين من أقسام أمراض الجهاز الهضمي والأورام الطبية والأشعة والمسالك البولية؛ ليتم تسهيل التشخيص والعلاج السريع والدقيق من خلال استيعاب جميع هذه الاقسام في مستشفى الأردن. 

يتم التعامل مع الحالات الحميدة مثل البواسير والناسور الشرجي والشق الشرجي إما بالجراحة التقليدية المفتوحة أو بتقنيات أكثر تقدماً مثل العمليات المعتمدة على الليزر،وبالتالي توفير طريقة العلاج المناسبة والمصممة وفقاً لاحتياجات كل مريض. 

. مستشارونا هم أيضًا خبراء في علاج التهاب القولون التقرحي وداء كرون، . يتم علاج هذه الحالات طبيًا أو جراحيًا اعتمادًا على الأعراض الظاهرة، والمرحلة، وعمر المريض، والإجراءات السابقة.